諸島の中央に位置するサンタ・クルス島は２番目に大きな島で、４つの有人島の中では人口が一番多い15,701人（2015年統計）が暮らしています。経済の中心地として栄え活気のある町にはホテルも多く、宿泊しながらビジターサイトを訪れるデイツアーやデイクルーズに参加して楽しむことができます。
サンタ・クルス島の北岸にあるイタバカ桟橋から南岸のプエルト・アヨーラ町までは国立公園内をおよそ42kmの縦断道路が結び車で移動します。途中のハイランド地区にはスカレシアの高木樹林に覆われた陥没孔、ロス・ヘメーロスや野生のゾウガメが見られる牧場などのビジターサイトがあります。
ガラパゴスでは自然の中に人の社会があるので、アシカやウミイグアナ、固有種の鳥は町中でも至る所で出会う事があります。町に滞在して散歩をしながらダーウィン研究所の見学を楽しんだり、国立公園内でもガイド無しで訪問できる数少ないビジターサイトのトルトゥーガベイまでは町から西へおよそ２kmのトレイルが整備されていて訪ねることができます。ビーチは1kmにも及ぶ美しい白砂で海水浴が楽しめるほか大きなウミイグアナの見学も楽しめます。
大きな島のサンタ・クルス島にはビジターサイトも多いので、クルーズ船を利用するツアーに参加すると更に楽しむ事ができるほか、定期便のスピードボートでサンタ・クルス島を中心にイサベラ島やサン・クリストバル島、フロレアーナ島に行けるので、島々のホテルに泊まりながら楽しむこともできます。

バルトラ島からイタバカ海峡をフェリーで渡りプエルト・アヨーラまで縦断道路を車で移動します

ガラパゴス諸島の最東端に位置するサン・クリストバル島はダーウィンが諸島を訪れた際に最初に上陸した島です。島の誕生が一番古い島で、大陸から一番近い立地なので古くから人との関わりがあり、本土からの農業移住者も最初に入植しました。今でも大きなコーヒー農園や牧場があります。
サン・クリストバル島には現在ガラパゴスの県庁が置かれていて、空港も町に隣接する便利な立地ですが住民はサンタ・クルス島の約半分の7088人（2015年統計）が暮らし、農業と漁業が中心ののどかな町です。近年は観光事業の発達と共にホテルの数も増えたので宿泊しながら滞在ができます。
町は海に面していて、アシカとウミイグアナの棲むマンビーチで海水浴を楽しんだり、町に隣接して建てられた島の入植史が展示されているインタープリテーションセンターやセンターの後ろからグンカンドリが飛び交いシュノーケリングが楽しめる入り江を見下ろすティヘレータスの丘までのトレイルを楽しめます。ハイランドには島固有のゾウガメ人工繁殖センター、セロ・コロラドや諸島内でも珍しい淡水湖エル・フンコなどのビジターサイトが楽しめます。
クルーズ船を利用するデイクルーズに参加してビジターサイトを訪れたり、定期便のスピードボートでサンタ・クルス島にも行けるので、ホテルに泊まり歩きながらのプランも楽しめます。

海岸沿いのメインストリートはプロムナードになっていて町はずれにダーウィン像があります

一番大きなイサベラ島は諸島の西に位置する新しい島で、北端を赤道が通過する赤道直下の唯一の島です。島の南岸のほんの一角に人口2344人の小さな町があり、広大な自然の中で人の社会が共生するピュアアイランドです。農業と漁業が中心で近年は観光業の発達で民宿規模のホテルも増えました。サンタ・クルス島からスピードボートの定期便を利用してイサベラ島で滞在する事も可能です。
町の中にラグーンがあってフラミンゴを始めとする水鳥たちが繁殖しているので散歩をしながらバードウォッチングが楽しめます。町から複数のトレイルが整備されていて、別のラグーン沿いには町の隣にあるイサベラ島種のゾウガメ人工繁殖センターまで野鳥見学をしながら行けるトレイルや、町の西に伸びた海岸沿いのトレイルは自然観察をしていると人工繁殖で育ててから野生に返された若いゾウガメに出会うこともあります。イサベラ島の５つの火山の内、唯一見学ができるシエラ・ネグラ火山のクレーターまでのトレイルも楽しみの一つです。
町の対岸にあるティントレーラス島ではペンギンが繁殖していてボートツアーで楽しむことができます。
広大なイサベラ島には多くのビジターサイトがありますが、町から訪れることができる場所は限られるので、クルーズ船のプログラムを利用すると更に楽しむ事ができます。

海岸にそって佇む町はのどかで、ゆったりとした時間が漂っています

諸島の南に位置するフロレアーナ島には人口111人（2015年統計）の諸島内で一番小さな町があります。
この島には泉があるので水が確保できる事から古くから漁船、捕鯨船、毛皮漁師、交易船、海賊船などが立ち寄ったり一時滞在した歴史があり、20世紀初期には国内の製塩業者の事業移民や欧州からの最初の移民もありました。ハイランドには海賊が作ったとされる当時の洞窟が残り、歴史と共に使いまわし利用されて、最後にはドイツから移民した家族の新居にも使われた史実がある観光スポットになっています。
過酷な自然に多くの移住希望者は失望して島を離れましたが、ドイツから最初に移住した家族はそのまま残り今では2代目のお嬢さんと3代目のお孫さんが経営するペンションが一軒あります。孤島の宿泊施設とは思えない清潔感のあるホテルで人工的な騒音は殆どない環境で過ごす時間はさながらロビンソンクルーソー気分の孤島体験ができます。海岸で繁殖しているウミイグアナは南部の特徴である赤みを帯びた体色で体も大きくて貫禄充分です。ガラパゴスペンギンの繁殖も確認されているので餌を探して泳ぐペンギンに出会うこともあります。
サンタ・クルス島から定期便のスピードボートでフロレアーナ島に滞在が可能です。

ほぼ無人島に近い島の滞在ができるフロレアーナ島です